Microsoft 365 の初回サインイン時には、パスワードを忘れた時のための認証について設定を求められます。多要素認証の初期設定と同じダイアログが表示されるため、大変判別しにくい状態となっていますが、https://m365setting.u.tsukuba.ac.jp/ で多要素認証をオンにしていない場合、多要素認証は有効になっていません。

また、Microsoft Authenticator をインストールせずに設定を進めることが可能です。下記の画像を参考に設定を進めてください。