WinSCP などを利用してサーバに接続する際は、以下のサーバ一覧の「全学計算機システムでのWeb公開」の欄を御覧ください。
https://portal.cc.tsukuba.ac.jp/member/server-information/

はい。CGI 利用についてをご覧ください。

Web コンテンツの公開をすませてください。

「wwws」フォルダの中に「local_only」というフォルダを作成してください。「local_only」の中に置かれたファイルは全学計算機システムの端末やリモートデスクトップサーバ上で動かした Web ブラウザからしかアクセス (閲覧) できません。

また wwws 直下でなくてもフォルダ名が「local_only」(wwws/[*/]local_only）であれば同じアクセス制限がかかります。

Webコンテンツの公開をご覧ください。